In Fällen, in denen Enteignung grundsätzlich möglich ist, die Beteiligten sich aber nur über die Höhe der Entschädigung nicht einigen können, besteht die Möglichkeit, ein Entschädigungsfestsetzungsverfahren durchzuführen.
Dabei ist Voraussetzung, dass die Beteiligten eine Teileinigung hinsichtlich des Eigentumsübergangs erzielen. Dies kann innerhalb eines Enteignungsverfahrens oder außerhalb des Verfahrens in Form eines Kaufvertrags, in dem ein vorläufiger Kaufpreis vereinbart wird, geschehen.
Die endgültige Höhe der Entschädigung wird dann von der Enteignungsbehörde festgesetzt. Bei der Entschädigungsermittlung gelten die gleichen Grundsätze, die auch in einem Enteignungsverfahren angewandt werden.
Die Enteignungsbehörde ist auch zuständig für Entschädigungsfestsetzungen bei Veränderungssperren und Planungsschäden nach dem Baugesetzbuch und bei Ansprüchen, die auf anderen Fachgesetzen (zum Beispiel Bundes-Immissionsschutzgesetz, Schutzbereichsgesetz und andere) beruhen.