Das Regierungspräsidium Darmstadt nimmt als Obere Naturschutzbehörde (ONB) folgende Schwerpunktaufgaben wahr:
- Auswahl, Sicherung und Betreuung der Natura-2000-Gebiete. Dazu gehören unter anderem die Grunddatenerfassung und die Erstellung von Bewirtschaftungsplänen zur Festlegung der erforderlichen Erhaltungsmaßnahmen. Ferner weist die ONB Natur- und Landschaftsschutzgebiete aus und veranlasst Maßnahmen zum Erhalt bedrohter heimischer Arten.
- Überwachung der internationalen Artenschutzbestimmungen (Vollzug des Washingtoner Artenschutzabkommens). Die ONB ist Meldestelle für anzeigepflichtige Tierhaltungen und erteilt die erforderlichen EG-Bescheinigungen für die Vermarktung geschützter Arten und ihrer Produkte.
- Als zuständige Fachbehörde prüft die ONB die naturschutzrechtlichen und -fachlichen Belange in allen Verfahren, die beim Regierungspräsidium geführt werden (zum Beispiel zur Genehmigung von Straßenbauprojekten, Bahntrassen, Abbauvorhaben, Windkraftanlagen oder Gewässerausbaumaßnahmen). Dazu gehören die Eingriffsregelung, die FFH-Verträglichkeitsprüfung sowie artenschutzrechtliche Ausnahmen oder Befreiungen und verschiedene zum Beispiel landschaftsschutzrechtliche Genehmigungen.
- Außerdem Führung des hessischen Naturschutzinformationssystems NATUREG. Dieses elektronische Register enthält unter anderem Daten über Biotop- und Artvorkommen und die Lage der naturschutzrechtlich gebundenen Flächen (zum Beispiel Schutzgebiete und Kompensationsflächen). Öffentlich zugängliche Informationen und Karten sind über den NATUREG-Viewer im Internet für jedermann verfügbar.