Eine FFH-Verträglichkeitsprüfung wird immer dann erforderlich, wenn ein Projekt einzeln oder im Zusammenwirken mit anderen Projekten geeignet ist, ein Natura 2000-Gebiet (= FFH-Gebiet oder Vogelschutzgebiet) erheblich zu beeinträchtigen (§ 34 Absatz 1 Bundesnaturschutzgesetz). Bezugsgröße für die Prüfung der Verträglichkeit sind die Erhaltungsziele des jeweiligen Gebietes, die in der Natura 2000-Verordnung festgelegt sind. Eine Beeinträchtigung kann nicht nur dann gegeben sein, wenn ein Projekt innerhalb eines Natura 2000-Gebietes verwirklicht werden soll, sondern auch dann, wenn es von außen auf ein Natura 2000-Gebiet einwirkt.
Ergibt die Prüfung der Verträglichkeit, dass das Projekt zu erheblichen Beeinträchtigungen des Gebietes in seinen für die Erhaltungsziele oder den Schutzzweck maßgeblichen Bestandteilen führen kann, ist es unzulässig (§ 34 Absatz 2 Bundesnaturschutzgesetz).
Allerdings besteht die Möglichkeit zur Durchführung einer FFH-Abweichungsprüfung (§ 34 Absatz 3 Bundesnaturschutzgesetz). In diesem Fall ist zu prüfen, ob das Projekt aus zwingenden Gründen des überwiegenden öffentlichen Interesses notwendig ist und zumutbare Alternativen nicht gegeben sind. Sind darüber hinaus Maßnahmen zur Sicherung des Zusammenhangs des Netzes "Natura-2000" (sogenannte Kohärenzsicherungsmaßnahmen) möglich, so kann das Projekt im Rahmen einer Abweichung zugelassen werden.
Die FFH-Verträglichkeitsprüfung ist ein eigenständiger Teil der naturschutzrechtlichen Antragsunterlagen, da sie spezifische, gebietsbezogene Fragestellungen zu beantworten hat