Das Regierungspräsidium untersucht die Gewässergüte bei:
- allen Anträgen auf Einleiteerlaubnis (Verlängerungen und Neuanträge)
- Wasserverunreinigungen oder Fischsterben
- Renaturierungen an Fließgewässern (Untersuchungen des Makrozoobenthos vor und nach den Maßnahmen).
Um die Gewässergüte zu bestimmen, wendet das Regierungspräsidium seit vielen Jahren die Deutsche Industrie Norm (DIN) 38410 an. Nach deren Vorgaben werden geeignete Wasserorganismen, vor allem Insektenlarven, Strudelwürmer, Krebse, Egel, Schnecken und Muscheln, die man wissenschaftlich als Makrozoobenthos bezeichnet, im zu untersuchenden Gewässer(abschnitt) gesammelt. Die unterschiedlichen Wasserorganismen stellen unterschiedlich hohe Anforderungen an die Gewässerbeschaffenheit, so dass sich die Gewässergüte anhand der Häufigkeit, mit der die Organismen vorkommen, nach den in der genannten DIN-Vorschrift festgelegten Regeln bestimmen lässt.
Gleichzeitig werden auch wichtige chemische Wasserinhaltsstoffe, zum Beispiel Sauerstoff, Ammonium, Nitrit, Nitrat, Phosphat, Chlorid und so weiter bestimmt. Allerdings gibt die chemische Gewässeruntersuchung nur eine kurzfristige Bewertung der Wasserqualität im Moment der Entnahme wieder. Mit den Untersuchungen des Makrozoobenthos können dagegen längerfristige Aussagen über den Gewässerzustand gemacht werden, da die Wasserorganismen sich teilweise einer schlechteren Wasserqualität anpassen beziehungsweise allgemein eine wesentlich längere „Reaktionszeit“ benötigen.
Außerdem berücksichtigt das Regierungspräsidium bei der Beurteilung der Gewässergüte Untersuchungen, die beispielsweise im Rahmen der Umsetzung der Wasserrahmenrichtlinie der Europäischen Gemeinschaft (EG-Wasserrahmenrichtlinie) durch das Hessische Landesamt für Naturschutz, Umwelt und Geologie (HLNUG) durchgeführt beziehungsweise beauftragt werden. Dazu gehören noch umfangreichere Organismenuntersuchungen (Fische, Wasserpflanzen, Algen, Plankton einschließlich Makrozoobenthos) und chemische Untersuchungen (zum Beispiel Nachweis von Arznei- oder Pflanzenschutzmitteln in Oberflächengewässern).